Ziel des Masterstudiums ist die Vermittlung umfassender wissenschaftlicher Kenntnisse und Methoden in den wichtigsten Teilgebieten der Pharmazeutischen Wissenschaften sowie in fachlich nahestehenden Gebieten. Im Masterstudium erwerben Studierende vertiefte Kenntnisse  über die Entwicklung, Wirkung, Herstellung und Qualitätskontrolle von Arzneistoffen und Arzneimitteln sowohl pflanzlicher als auch synthetischer Art. Die Kenntnisse werden in den Modulen „Spezielle Pharmakotherapie“, „Biogene Arzneimittel“, „Synthetische Arzneistoffe und Antibiotika“, „Individuelle Arzneimittelherstellung und personalisierte Medizin“, „Klinische Pharmazie und Gesundheitsmanagement“ und „Vertiefende Aspekte der Pharmazie“ anhand von Experimenten, Laborübungen, Vorträgen und Eigenarbeit vermittelt. Im Rahmen der Gebundenen Wahlfächer können sich Masterstudierende darüber hinaus spezielles Fachwissen auf den Gebieten Arzneibücher, Arzneimitteluntersuchungsmethoden, Arzneimittelherstellung und Qualitätskontrolle aneignen.